早在革命战争年代，中国共产党就高度重视卫生工作。年11月，中华苏维埃共和国临时中央政府成立，内务部专门设立卫生局，统管整个苏区的卫生防疫工作。
年4月，毛泽东在《论联合政府》一文中谈到新中国成立后人民政府的任务时指出：“应当积极地预防和医治人民的疾病，推广人民的医药卫生事业。”
那时的中国，疫病丛生、缺医少药。传染性极强、病死率极高、对社会危害性极大的霍乱、鼠疫、天花等烈性传染病、血吸虫病、钩虫病等寄生虫病和克山病等地方病严重威胁着人民的生命与健康。
年，参照苏联的经验和做法，东北解放区开始组建了各种形式的防疫大队，开展鼠疫、霍乱等传染病的防治工作。随着解放战争的胜利，许多地方相继建立防疫大队、民族卫生工作队、专业防疫所，大力开展黑热病、血吸虫病、疟疾、丝虫等传染病的防治工作，控制了一些传染病的流行，保证了解放战争的顺利进行。
根据不完全统计，新中国成立初期，血吸虫病在南方12个省的个县流行，尤以浙江、江苏等最为严重，患病近万人，约有1亿多人受到威胁。疟疾在25个省的个县流行。丝虫病在14个省的个县流行。钩虫病在18个省的个县流行。黑热病在长江以北13个省的个县流行。结核病患病率4%，死亡率0.2%以上。地方性甲状腺肿流行于28个省的个县，受威胁人口2.7亿余人。在黑龙江、吉林、内蒙古、河北等省（区）的克山病死亡率极高。疫病的流行，使无数的人丧失劳动力，甚至失去了生命，严重影响了生产的发展和生活的改善，疫区出现了人口减少、生产下降的现象。
党和政府高度重视人民健康，积极采取有力措施应对疫病的流行。
年9月，第一届政治协商会议全体会议《中华人民共和国中央人民政府组织法》，其中第18条规定：在政务院下设立卫生部，受文化教育委员会指导。同年11月1日，中央人民政府卫生部正式成立，李德全为首任卫生部长。12月，在华东、中南、西北、西南四个大行政区军政委员会和东北、华北人民政府也陆续设立了主管卫生工作的卫生部。
年3月，卫生部成立中央防疫总队，下设6个防疫大队。经过短期的政治和技术学习后，前往河北省的宁河、宝砥，天津的潮白河施工区，皖北的泗县、泗洪、五河，苏北的淮阴、沭阳，平原省的梁山、南旺二县重灾区，黄泛区的西华、扶沟、淮阳、尉氏等地，开展卫生防疫工作。期间，在中苏共管的中长铁路管理局成立了第一家卫生防疫站。全国共组织了个防疫队，余名卫生工作者深入灾区、疫区、治淮工程区。同时还设立了8个黑热病防治所，18个寄生虫病防治所。
年8月，卫生部召开了第一届全国卫生工作会议。毛泽东为大会题词：“团结新老中西各部分医药卫生人员，组成巩固的统一战线，为开展伟大的人民卫生工作而奋斗。”
年秋，在庆祝新中国成立一周年时，周恩来总理在《为巩固和发展人民的胜利而奋斗》的报告中指出：“在过去一年内，人民政府已经大规模地开展了反对疫病的斗争。人民政府决定在最近几年内在每个县和区建立起卫生工作机关，以便改进中国人民长时期的健康不良状况。”
年12月，第二届全国卫生会议提出了“面向工农兵，预防为主，团结中西医，卫生工作与群众运动相结合”的工作方针，要求发动群众、宣传群众，让群众团结起来同疾病和不卫生的习惯作斗争。各级政府通过报社、电台、电教队、文化馆，大力宣传党的卫生政策，普及卫生防疫知识。同时，大力开展以“除四害”为中心的爱国卫生运动，有效改善了全国城乡环境卫生，大大减少了疫病的传播和发生。
年底，全国建立各级卫生防疫站个，拥有公共卫生医师人，为年全国普遍建立卫生防疫体系奠定了坚实的基础。
以上内容部分参考《中国疾病预防控制60年》、《疾病预防控制体系建设研究报告》以及李洪河的《新中国卫生防疫体系是怎样建立起来的？》。
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